Mezi vejcem a jeho okolím dochází k nepřetržité výměně tepla. Z tohoto důvodu je teplota líhnutí zřejmě nejdůležitějším faktorem inkubačního procesu. Vejce neustále vydává teplo (které vzniká při látkové výměně uvnitř vejce), čímž vznikají teplotní rozdíly. Aby teplota vejce zůstala konstantní, musí být regulována. Regulace se uskutečňuje termostatem umělé líhně a neustálým prouděním vzduchu. Za orientační hodnotu se u slepic považuje 37,8 až 38 °C. Odchyluje-li se teplota od uvedené orientační hodnoty dlouhodobě, může to mít za následek nižší počet vylíhnutých kuřat. Průměrná odchylka 0,2 °C ještě líhnutí negativně neovlivní. Při poklesu teploty o 1 °C pod orientační hodnotu se líhnutí opozdí a kuřata nemají dostatečnou vitalitu. Poklesne-li teplota o 2 °C, pokračuje embryonální vývoj příliš pomalu a líhnutí je zhoršené. Při teplotách pod 34 °C k vylíhnutí vůbec nedojde. Vyšší teplota má v druhé polovině období v líhni horší následky a je škodlivější než příliš nízká teplota. Mírné zvýšení teploty urychlují termín líhnutí. Optimální teplota je u různých plemen často rozdílná. Araukánky se např. líhnou při konstantní teplotě v líhni 38,3 °C lépe než při 37,8 °C. Při příliš vysoké teplotě končí urychlený embryonální vývoj odumřením inkubovaných kuřat. Dochází k němu už při teplotě o 1,5 °C vyšší, než má být. Poklesne-li však teplota pod tuto hranici, vylíhnou se často příliš slabá kuřata, mnoho jich během klování zůstane ve vejci, nebo odumřou už před termínem vylíhnutí. Krátkodobé ochlazení vajec na pokojovou teplotu (asi na 5 minut), podporuje líhnutí zejména u vodní drůbeže, protože se tím podněcuje metabolismus embrya. Tato ochlazení odpovídá době, po kterou při přirozeném sedění na vejcích kvočna opouští hnízdo, aby se nakrmila a napojila.
